学部卒業生の進路で最も多いのは、4年次所属研究室の大学院修士課程（生圏システム学専攻や新領域創成科学研究科自然環境学専攻）への進学です。その結果、同じ研究室に３年間在籍し、一つのテーマについて深く研究を進めることができます。他の大学院に籍を進め、幅広い経験のなかで、自分のやりたいことをみつける学生もいます。

修士課程への進学後は、国家公務員・地方公務員、環境系シンクタンク・コンサルタント、ゼネコン、商社、大学院博士課程などへの進路がみられます。