AE-Bio 東京大学農学生命科学研究科 生産環境生物学専攻 close

岸野 洋久


岸野 洋久 (KISHINO Hirohisa)


生産・環境生物学専攻
生物測定学研究室


教 授

 略 歴
1978年 東京大学卒
1980年 東京大学大学院修士課程修了
1989年 九州大学大学院・論文博士

 研究概要
 統計的モデリングを通じて、生態系の多様性、人や環境による生態系への淘汰圧、生態系の適応の諸現象を、定量的に、感度よく分析することを目指しています。種々の分野の専門家との共同研究により、重要な課題に対して本質的な解答をしたいと願っています。特に現在力を入れているのは、種々の遺伝データの解析に時空間情報を取り入れることです。たとえば、タンパク質の立体構造と配列データの情報を組み合わせることにより、ウイルスが宿主への感染能を大きく低下させることなく免疫系の攻撃をかわす突然変異がどの程度起こり得るか、そしてそれはどのような突然変異か予測します。また、アミノ酸配列を比較して多様化圧がかかる領域をタンパク質の構造の上にマッピングすることにより、寄生種と宿主の軍拡競争の正体を突き止めていきます。遺伝性を持つ病気や種々の表現型は、しばしば数多くの遺伝子に影響されますが、それらはあるまとまりをもっています。遺伝子ネットワークの情報が充実するにつれ、関連遺伝子をこのネットワーク上にマッピングすることにより、遺伝的背景の実態を浮き彫りにすることが可能となってきます。野外の微生物群集は多様で、そのすべてを調べつくすことはできません。階層構造をなすメタゲノムをモデリングすることではじめて、種々の環境における微生物群集の多様性を標本データから比較することができます。

 最近の研究成果
  1. Mariadassou, M., Bar-Hen, A., and Kishino, H. (2011). Taxon Influence Index: assessing taxon-induced incongruities in phylogenetic inference. Systematic Biology. accepted.
  2. Koyano, H. and Kishino, H. (2010). Quantifying biodiversity and asymptotics for a sequence of random strings. Physical Review E 81: 061912.
  3. Watabe, T. and Kishino, H. (2010). Structural considerations in the fitness landscape of a virus. Molecular Biology and Evolution. 27: 1782–1791.
  4. Tanabe, K., Mita, T., Jombart, T., Eriksson, A., Palacpac, N., Ranford-Cartwright, L., Sawai, H., Sakihama, N., Horibe, S., Ohmae, H., Nakamura, M., Ferreira, M. U., Escalante, A. A., Prugnolle, F., Bjorkman, A., Farnert, A., Akira Kaneko, A., Horii, T., Manica, A., Kishino, H., and Balloux, F. (2010). Plasmodium falciparum accompanied the human expansion out of Africa. Current Biology. 20: 1283–1289.
  5. Sawai, H., Otani, H., Arisue, N., Palacpac, N., de Oliveira Martins, L., Pathirana, S., Handunnetti, S., Kawai, S., Kishino, H., Horii, T., and Tanabe, K. (2010). Lineage-specific positive selection at the merozoite surface protein 1 (msp1) locus of Plasmodium vivax and related simian malaria parasites. BMC Evolutionary Biology. 10: 52.
  6. Miyashita, S. and Kishino, H. (2010). Estimation of the size of genetic bottlenecks in cell-to-cell movement of Soil-borne wheat mosaic virus (SBWMV) and the possible role of the bottlenecks in speeding up selection on variation in trans-acting genes or elements. Journal of Virology. 84: 1828–1837.
  7. de Oliveira Martins, L. and Kishino, H.), (2010). Distribution of distances between topologies and its effect on detection of phylogenetic recombination. Annals of the Institute of Statistical Mathematics. 62: 145–159.
  8. Nishiyama, T., Notohara, M., Sumi, S., Takami, S., and Kishino, H. (2009). Major contribution of dominant inheritance to autism spectrum disorder (ASD) in population based families. Journal of Human Genetics. 54: 721–726.
  9. Li, Z-W., Li, X., Yu, Q-Y., Xiang, Z-H., Kishino, H., and Zhang, Z. (2009). The small heat shock protein (sHSP) genes in the silkworm, Bombyx mori, and comparative analysis with other insect sHSP genes. BMC Evolutionary Biology. 9: 215.
  10. Seo, T.-K. and Kishino, H. (2009). Statistical comparison of nucleotide-, amino-acid-, and codon-substitution models for the evolutionary analysis of protein-coding sequences. Systematic Biology. 58: 199–210.
  11. Koyano, H. and Kishino, H. (2009). Observation subarea decision and population density estimation by space scale-invariance. J. Japanese Statistical Society. 39: 77–88.
  12. Kitada, S., Shishidou, H., Sugaya, T., Kitakado, T., Hamasaki, K., and Kishino, H. (2009).Genetic effects of long-term stock enhancement programs. Aquaculture. 290: 69–79.
  13. Choi, S. C., Stone, E. A., Kishino, H., and Thorne, J. L. (2009). Estimates of natural selection due to protein tertiary structure inform the ancestry of biallelic loci. Gene. 441: 45–52.
  14. Kitazoe, Y., Kishino, H., Hasegawa, M., Nakajima, N., Thorne, J. L., and Tanaka, M. (2008). Adaptive threonine increase in transmembrane regions of mitochondrial proteins in higher primates. PLoS ONE. 3 (10): e3343.
  15. O' Loughlin, S. M., Okabayashi, T., Honda, M., Kitazoe, Y., Kishino, H., Somboon, P., Sochantha, T., Nambanya, S., Saikia, P. K., Dev, V., and Walton, C. (2008). Complex population history of two forest-dependent Anopheles dirus mosquito species in Southeast Asia suggests the influence of Pleistocene climate change. Journal of Evolutionary Biology. 21: 1555–1569.
  16. Kawaoka. S., Hayashi, N., Katsuma, S., Kishino, H., Kohara, Y., Mita, K., and Shimada, T. (2008). Bombyx small RNAs: Genomic defense system against transposons in the silkworm, Bombyx mori. Insect Biochem. Mol. Biol. 38: 1058–1065.
  17. de Oliveira Martins, L., Leal, ´E. and Kishino, H. (2008). Phylogenetic detection of recombination with a Bayesian prior on the distance between trees. PLoS ONE. 3 (7): e2651.
  18. Seo, T.-K. and Kishino, H. (2008). Synonymous substitutions substantially improve evolutionary inference from highly diverged proteins. Systematic Biology, 57: 367–377.
  19.  繁桝算男 ・岸野洋久 ・大森裕浩 監訳 (2011) 『ベイズ統計分析ハンドブック』. "Bayesian Thinking : Modeling and Computation"Handbook of Statistics 25Dey, D. K. and Rao, C. R.)朝倉書店.
  20. 岸野洋久 (2008).分子進化の統計科学.(21 世紀の統計科学II:自然・生物・健康の統計科学(小西貞則・国友直人編)).東京大学出版会

 連絡先
TEL/FAX:03-5841-5066
E-mail: kishino@lbm.ab.a.u-tokyo.ac.jp

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